L'11 febbraio 1952 a Milano la "Fondazione Pro Juventute per minori e invalidi di guerra" viene riconosciuta ufficialmente con Decreto del Presidente della Repubblica Luigi Einaudi. Fondata nel 1949 con la fusione tra la Federazione Pro Infanzia Mutilata e la società "Pro Infanzia", quest'ultima costituita da don Gnocchi per assicurare al proprio operato una entità patrimoniale. Il 3 marzo 1951 nasce così a Roma la "Fondazione Pro Juventute per minori e invalidi di guerra". Nel 1953 la Fondazione dispone di sette collegi: cinque per i maschi (Roma, Torino, Parma, Salerno e Inverigo) e due per le bambine mutilate (Pessano e Pozzolatico), per un totale di duemila posti letto. La Fondazione si dedica poi alla poliomielite che colpisce, allora in Italia, una media di tremila fanciulli l’anno. Centrale, nel pensiero di don Carlo e nell'organizzazione dei collegi della Pro Juventute, è il concetto di riabilitazione. Nasce così la organizzazione professionale della Pro Juventute: officine e laboratori per meccanici, radiotecnici, tipografi, tecnici agricoli, cartotecnici, ceramisti, sarti. Nel 1955 don Carlo lancia la sua ultima grande sfida: costruire un moderno Centro che costituisca la sintesi della sua metodologia riabilitativa. Nel settembre 1955, alla presenza del Capo dello Stato, Giovanni Gronchi, viene posata la prima pietra della nuova struttura, nei pressi dello stadio di San Siro, a Milano . Struttura che don Gnocchi, già gravemente ammalato, non riuscirà a vedere completata Alla scomparsa del sacerdote (28 febbraio 1956 a Milano), la Fondazione vive un momento di consolidamento e di riflessione e già pochi anni dopo è in grado di decollare verso traguardi futuri.
Dal 1963 la Pro Juventute - che dal 1957 è "Fondazione Pro Juventute Don Carlo Gnocchi" - estende la sua presenza sul territorio nazionale con 12 Centri di importanza regionale e altre decine di poliambulatori e Centri minori, allargando lo specchio delle proprie attività riabilitative a ogni forma di handicap, dai motulesi ai neurolesi, ai malformati congeniti, focomelici, distrofici. Si occupa di patologie della colonna vertebrale, dell'apparato osseo, scoliosi, fino alle disabilità più impegnative sul fronte della riabilitazione. Nel 1991, c’è il riconoscimento - segnatamente per il Centro "S. Maria Nascente" di Milano - di Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS) di diritto privato. Nell'agosto del 2000, tale riconoscimento IRCCS è esteso anche al Centro "S. Maria agli Ulivi" di Pozzolatico (Firenze).